ウインドウズ、マックで用いられているかな変換用のローマ字は、学校で習った訓令式、パスポートなどで使用されるヘボン式、 そして、かな漢字変換ソフトのルールなどが混同したものです。
効率よくかな変換を行いたいなら、○○式にこだわらないで、文字数の少ない方を 選択すべきでしょう。
「じ」は zi,ji 「ふ」は、hu,fu の選択が可能でどちらも文字数が同じですが、ja,ju,jo,fa,feなど の拗音を考慮すると ji,fuを選択される方がわかりやすいのではないでしょうか。
(当サイトのローマ字入力の練習も初期値にそちらを採用しております)

ヘボン式で統一したいが
パスポート、道路標識などで使われているヘボン式ローマ字は、より英語の発音に近い 表記法で、かな漢字変換もヘボン式で行いたいものですが、以下のような不具合が 生じます。
● 「じ」「ぢ」、ヘボン式では、どちらも"ji"
(例) 底力(そこぢから)→SOKOJIKARA
● 「ん」は、ヘボン式では b ・ m ・ p の前では、 n の代わりに m 使用。
(例) 新聞(しんぶん)→SHIMBUN
● 「っ」は、子音を重ねますが、ヘボン式では、「ち」「 ちゃ」「ちゅ」「ちょ」 に限り、t を使用します。
(例)出張(しゅっちょう)→SHUTCHO
上記の(例)は、windows,macでは、正常に変換できません。上記以外に不具合を生じるケースが多々あります。